Fin dalla progettazione iniziale è stata posta molta attenzione alla tutela del patrimonio arboreo, non solo per quanto riguarda le linee nella loro realizzazione finale ma anche per le possibili interferenze nella fase dei lavori e dei cantieri.
In alcune tratte delle nuove linee il tram circola senza la linea elettrica di contatto, la cosiddetta catenaria, nello stesso modo in cui oggi transita in Prato della Valle.
Nella fase di progettazione definitiva prima, ed esecutiva poi, sono state inoltre censite tutte le alberature che interferiscono con l’opera e insieme al settore Verde, Parchi e Agricoltura Urbana del Comune di Padova si è definito il modo migliore di intervenire: potature, spostamenti o, se necessario, abbattimenti. I cantieri che coinvolgono alberature sono oggetto di costanti sopralluoghi dei tecnici del Comune e delle imprese, per valutare caso per caso come risolvere le interferenze presenti.
