Il Sir2 avrà 4 capolinea, due principali e due intermedi:
– Rubano: nel Comune di Rubano il capolinea è nell’area al confine con il Comune di Mestrino, tra via Pria Fosca, via Palù, via Geremia e la strada regionale SR7. Sono previsti un parcheggio scambiatore da 360 posti, un deposito, l’officina e un circuito necessario alle prove e alla manutenzione dei mezzi.

– Vigonza: oggi la fermata di Vigonza è prevista in corrispondenza della rotonda tra via Padova e via Regia. Si sta sviluppando la progettazione per il prolungamento della linea, con il capolinea previsto in località Capriccio. Il Comune di Vigonza ha sviluppato in concerto con APS Holding la progettazione per il prolungamento della linea, con il capolinea previsto in località Capriccio, per il quale è necessario un finanziamento da parte del Ministero delle Infrastrutture e dei Trasporti.

– ex caserma Romagnoli: in un’area limitrofa alla ex caserma è previsto un capolinea con un parcheggio scambiatore da 100 posti, utile per gli utenti che arrivano da sud, come ad esempio da Brusegana o Tencarola, che in questo modo possono raggiungere il tram senza impegnare l’asse di via Chiesanuova. Questo capolinea è funzionale anche all’ottimizzazione del servizio, in quanto permette di  modulare frequenze di transito dei mezzi più alte nelle ore di punta.

– nuovo ospedale di Padova Est: in prossimità del raccordo Ghandi tra via San Marco e viale Delle Grazie, la linea si sdoppia in una direzione verso Ponte di Brenta e nell’altra su via Einaudi, per collegare il nuovo ospedale di Padova Est. Si tratta non solo di un luogo da e verso il quale si sposteranno migliaia di persone al giorno, ma anche di un importante nodo intermodale tra treni, autobus, collegamenti stradali e autostradali.