Fin dalla progettazione iniziale è stata posta molta attenzione alla tutela del patrimonio arboreo, non solo per quanto riguarda le linee nella loro realizzazione finale ma anche per le possibili interferenze nella fase dei lavori e dei cantieri.
In alcune tratte delle nuove linee infatti il tram corre senza la linea elettrica di contatto, la cosiddetta catenaria, nello stesso modo in cui oggi corre in Prato della Valle. È il caso ad esempio del tragitto nella passeggiata Bianchini e in prossimità del Parco Iris, o di via Morgagni. In questi punti il tram funziona a batteria proprio per evitare di interferire con gli alberi.
Nella fase di progettazione definitiva prima ed esecutiva poi, sono state censite tutte le alberature che interferiscono con la linea e insieme al Settore Verde, Parchi e Agricoltura Urbana del Comune di Padova si è definito il modo migliore di intervenire con potature, spostamenti o, se necessario, abbattimenti.
Tutti i cantieri che coinvolgono alberature sono oggetto di costanti sopralluoghi tra tecnici del Comune e delle imprese, per valutare caso per caso come risolvere le interferenze presenti.
Inoltre, l’avvento delle due nuove linee porterà con sé la messa a dimora di migliaia di nuove piante tra alberi e arbusti (oltre mille solo per la linea Sir3), con una particolare attenzione allo sviluppo delle infrastrutture verdi.
